“专项基金”的管理方式分为两种。一种是按捐赠人意愿设立的有专门用途的“专项基金”。这类专项基金在项目选择、实施以及基金管理、运作等方面，都主要由吴作人基金会根据捐赠者的要求制定和实施。如“萧淑芳艺术基金”、“吴作人研究专项基金”、“汉画专项基金”等。
另一种则是针对一些有明确且独立做某项艺术公益事业意愿的机构或个人，在认可吴作人基金会的宗旨的前提下，所设立的自筹自支自管的“专项基金”。这类专项基金在项目选择、实施以及基金管理、运作上具有较大的自主性，其决策权归该专项基金的管理委员会。如“中国艺术批评专项基金”、“艺术与文化政策研究专项基金”、“青年策展人发展基金”等。