萧淑芳艺术基金
萧淑芳，吴作人先生的夫人，前吴作人国际美术基金会名誉理事长。根据萧淑芳先生遗愿，为奖励与资助女性艺术家，特设立“萧淑芳艺术基金”，由萧淑芳先生生前捐出的作品拍卖所得作为“萧淑芳艺术基金”的启动资金。该基金交由吴作人国际美术基金会管理与运作。
萧淑芳艺术奖——“萧淑芳艺术基金”支持华人女艺术家和艺术院校女学生的艺术创作与史论研究，并颁发“萧淑芳艺术奖”授予在艺术创作及艺术史论研究上有突出贡献的华人女艺术家。该奖已经进行了两届，分别由徐晓燕和崔岫闻获奖。同时为表彰有特别贡献的华人女艺术家，“萧淑芳艺术奖”还颁发了特别奖，分别由谢丽芳和邓澍获奖。
女性艺术研究计划——2009年“萧淑芳艺术基金”在关注女性艺术家之外，增加了对女性问题及其与艺术的关系的研究，于2009年下半年开始展开“女性艺术研究计划”。
中国艺术传统研究基金
为加强对中国传统艺术的研究，吴作人基金会下设“中国艺术传统研究专项基金”，主要资助受近代西方艺术影响之前的中国传统艺术的研究。
2009年3月，“中国艺术传统研究基金·汉画专项基金”正式建立，其资助方向为汉画研究。该基金在随后的半年中资助召开了“汉画与建筑暨中国汉画学会理事大会”；协助国家项目完成了对淮北地区所有汉画的调查并编入数据库；启动了南阳、嘉祥两个地区及山东石刻馆藏汉画的综合调查，并开展“汉代与建筑”专项研究等；为保存北京大学汉画研究所收藏的几十种汉画像石画像砖和近千种原拓，资助建造了“汉画研究所临时仓库”用以保存汉代文物与拓片、资料等。
中国油画创作发展专项基金 为促进中国油画创作的发展，特设立此基金。
中国雕塑发展专项基金 为促进中国雕塑艺术的发展，特设立此基金。
中国艺术批评专项基金
中国艺术批评专项基金是由吴作人国际美术基金会与资深艺术批评家共同发起组建的一项非营利性的公益基金。其宗旨是致力于推动中国艺术的发展，为艺术批评家的各项学术活动（包括批评家网站、批评家年会、批评家文集、批评家杂志以及与批评相关的各项活动）提供无偿资金支持，以使批评远离研究和活动经费困难导致的困扰，从而保持批评的独立性和学术的严肃性。该基金的决策机构是“中国艺术批评专项基金管理委员会”，首届管委会主任为贾方舟。
中国艺术批评专项基金所支持的公益活动的业务范围包括：
（一）资助或协助中国艺术批评家组织的各项学术活动、学术交流、办刊、考察等活动；
（二）奖励有成就的批评家、优秀的青年批评家以及有学术价值的论文、著作；
（三）开展其他符合本基金宗旨的活动。
2009年9月19日“中国艺术批评专项基金”正式宣布成立。
2010年“艺术史专项基金”成立。其资助方向有：
一、促成2016年第34届世界艺术史大会在中国的召开，筹办与大会有关的各项活动，支持中国学者准备和申报与大会有关的各项学术工作。主要通过中国艺术史学会筹委会实施资助。
二、资助在中国境内建立编辑部，编辑国际艺术史学会学刊《艺术史》，同时编辑《中国艺术史研究年鉴》。
三、进一步开展分门别类的艺术史项目的资助计划。
“艺术史专项基金”旨在通过提高中国艺术史界的整体学术水平，以完成国际艺术史研究领域格局的改变，从以西方一枝独秀的艺术史方法，向西方与中国两大审美体系双峰并峙局面转变。
为争取获得世界艺术的奥运会——四年一度的“世界艺术史大会”的中国申办权，吴作人国际美术基金会资助中国申办委员会进行了精心地准备。经过激烈竞争，终于成功取得了“2016年第34届世界艺术史大会”在北京举办的申办权。
第32届世界艺术史大会——在此之前，吴作人国际美术基金会还曾于2008年资助了中国美术史学会筹委会第一次以世界艺术史协会（CIHA ，International Committee of the History of Arts，联合国教科文承认的组织）的会员身份参加世界艺术史大会第32届年会的活动。本届世界艺术史大会于2008年1月13日至18日在澳大利亚墨尔本召开，汇聚来自47个国家的美术史家。邵大箴、范迪安、郑岩、张敢和邵亦杨组成的中国艺术史代表团，首次参与了4年一度的世界艺术史盛会，并应邀参加了本次理事会会议，代表中国艺术史家加入了世界艺术史协会，成为理事会成员。
艺术与文化政策专项基金 专门对艺术与文化政策的研究进行资助的专项基金。
青年策展人发展专项基金 该基金为培养年轻的艺术管理与艺术策划人才提供长期有效的支持。
吴作人研究专项基金 由吴作人家属专门捐款设立，旨在资助学者和学生开展对吴作人的艺术及其思想的深入研究。该基金于2009年7月正式建立。2009年首先在中央美术学院人文学院中开展对吴作人艺术与思想进行研究的活动。
传统知识和艺术法律援助专项基金 珍爱并致力于延续人类的文化基因，推动传统知识和艺术的传承与创新，保护文化多样性，为文化共同体、传承人和艺术家提供科学技术和法律援助。